Pregunta sobre borrar colores en capas :)

Hola Pamplinero :D
Tengo una duda que me ronda la cabeza y aunque estoy usándola por si las moscas, me gustaría que me quitarais las dudas sobre ella :)
Tengo entendido que aunque hagamos los colores del dibujo usando capas, éstos no tienen que estar superpuestos a otros, no!? Me refiero a que si por ejemplo dibujo un marciano con la cabeza verde en una capa, en otra los ojos blancos, la dorma de los ojos se la borro en la capa con el verde de la cabeza. No sé si me he explicado correctamente, pero quiero decir que en cada capa cada color está con sus trozos correspondientes a la figura que representa.
Gracias y me gustaría que me sacarais de dudas :)